事なかれ主義に陥った地球人類の大多数。
そんなか、宇宙海賊キャプテン・ハーロックと40人(41人)の海賊と1匹と1羽は、我が青春のアルカディア号で宇宙を旅する。
この宇宙戦艦の中央コンピューターは、ハーロックの親友でエメラルダスが愛した男、大山トチローの魂が入っている。
人類はマゾーンという美女の姿をしているが正体は植物という宇宙人による侵略を受け始めている。マゾーンは何億年も前から地球に来ていたようだが、なぜか突然、牙をむきだした。
宇宙海賊キャプテン・ハーロックと40人(41人)の海賊と1匹と1羽だけが、マゾーンに戦いを挑む。
マゾーンの女王ラフレシアは、トチローの墓がある惑星ヘビーメルダーで、ハーロックと直接会って話をしようとしたが、マゾーンの裏切り者を処罰するために何も言わずに母船に戻る。
そしてハーロックと仲間たちはまた旅を始める。
ラフレシアは何を言いたかったのか？
マゾーンはなぜ今頃人類に牙をむきだしたのか？
トチローはどんな死に方をしたのか？
トチローの魂はどうやって我が青春のアルカディア号に移ったのか？
疑問が回収されずに物語は終わる。
松本零士が生きているうちに続きを描いてくれないだろうか？
